Nel 2006 il porto di Marsiglia ha registrato un traffico di 100,07 milioni di tonnellate di merci, superando - per la prima volta dal 1980 - la soglia di cento milioni di tonnellate movimentate. Si tratta di un incremento del 3,6% rispetto al 2005.

Lo scorso anno sono stati stabiliti quattro record di traffico: quello delle merci varie, dei container, delle rinfuse secche e dei passeggeri.

Le merci varie sono aumentate del 6% a 16,4 milioni di tonnellate. Il traffico dei container è stato pari a 941.400 teu, con una progressione del 3,9% rispetto al 2005.

Le rinfuse secche hanno totalizzato 16,19 milioni di tonnellate, con una crescita del 5,4% determinata dal buon andamento del traffico del carbone (+25%) e della movimentazione al terminal mineraliero pubblico (3,2 milioni di tonnellate, +10,9%).

Per il secondo anno consecutivo gli idrocarburi sono aumentati del 2,7% attestandosi a 64,2 milioni di tonnellate grazie alla progressione dei prodotti raffinati (+17%) e delle importazioni di greggio attraverso l'oleodotto sud-europeo (+18,7%). Le altre rinfuse liquide sono aumentate del 2,7% a 3,17 milioni di tonnellate sull'impulso del traffico di prodotti chimici, in particolare di quelli utilizzati per la realizzazione di biocarburanti (+200%).

Il traffico passeggeri ha superato i due milioni di unità attestandosi alla quota record di 2,02 milioni (+8,5%).